微波杀菌机是针对食品的杀菌而制造的微波应用设备，因为食品杀菌的种类繁多，有粉状食品杀菌、颗粒状食品杀菌、罐头食品杀菌、袋装食品杀菌等，每种产品都不一样，而且也不是每种产品都能用微波杀菌，所以微波杀菌设备就必须根据不同的产品和不同的工艺来制造。
微波对于粉状食品的杀菌，也有一定的要求，一般要求产品含水量最好达到15%，温度达到80-85度，这样经过微波杀菌出来的产品菌落总数才会有明显的下降，霉菌、大肠杆菌也会有大量的杀灭。
微波杀菌只是在产品原料的细菌不是非常多，比方说10万或者100万以上，都是在1万以下的效果非常明显。微波杀菌的时间一般是3-5分钟，不同的产品就需要控制不同的时间。
